无霜霉病的啤酒花植株和根状茎是限制这种破坏性病原体。本研究的目的是确定哪些基于dna的诊断工具是最佳的检测植物组织中的胡木多糖。采用TaqMan探针对细胞核(C125015.3e1)和线粒体(orf359) DNA位点进行实时荧光定量PCR (qPCR)检测。基于orf359基因座设计重组酶聚合酶扩增(RPA)实验。

植物组织中啤酒花霜霉病菌的分子检测优化

线粒体qPCR检测方法的检测下限为10倍(100 fg基因组DNA),在无症状茎干中检测葎s菌的效率比核方法高60%。两种qPCR检测均为线性标准曲线(R2 > 0.99),但对接种后1天以上的叶片侵染缺乏定量精度。在标准化试验中观察到分离株的Cq值范围很广(≥4.9),这表明线粒体和核DNA靶的数量可以不同。病状根状茎中缺乏腐殖质DNA的部分原因是疫病菌DNA的检测。

然而,Phytophthora特异性atp9-nad9分析与Ps. humuli交叉反应导致假阳性扩增。植物DNA粗提物降低了RPA测定的灵敏度。通过应用一阶导数和二阶导数分别实现了从RPA荧光数据调用阳性扩增和确定扩增起始点的客观性。orf359 qPCR方法特异、灵敏,适合于植物组织中葎草素的诊断。